长江科学院科研部门根据2020年7月官网显示，长江科学院下设16个研究所（中心），1个分院，1个科技企业，3个综合保障单位

此外，依托长科院组建了江湖保护与水安全保障国际科技合作基地、国家引才引智示范基地

长江治理与保护科技创新联盟秘书处和长江技术经济学会秘书处设在长科院

 国家级研究中心：国家大坝安全工程技术研究中心省部级重点实验室：水利部江湖治理与防洪重点实验室、 水利部岩土力学与工程重点实验室、流域水资源与生态环境科学湖北省重点实验室省部级研究中心：水利部水工程安全与病害防治工程技术研究中心、水利部山洪地质灾害防治工程技术研究中心、水利部科技推广中心长江科技推广示范基地地市级研究中心：武汉市智慧流域工程技术研究中心 所属研究机构：河流研究所、水资源综合利用研究所、水土保持研究所、流域水环境研究所、空间信息技术应用研究所、工程安全与灾害防治研究所、农业水利研究所、国际河流研究所、水力学研究所、材料与结构研究所、岩基研究所、土工研究所、爆破与振动研究所、重庆科学实验研究中心、工程质量检测中心（计量检定及标准化中心）、野外科学观测中心（生态修复技术中心）、科技成果推广中心 

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