中国科学院系统科学研究所在研项目研究所主持和承担了多项国家重大科研项目，其中包括国家基础研究发展规划项目(973)1项，国家攀登项目4项，国家自然科学基金重大项目4项，重点项目7项
以下列出在研项目：
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