中国科学院新疆分院院地合作新疆分院高度重视与地方的合作，在加强战略研究，提高决策水平；共建研发平台，提升自治区区域创新能力；应用高新技术，推进构建现代产业体系；改善生态环境，推动农业现代化进程；加强人才培养，促进人员交流；加强科普工作,实施全民科技素质行动计划纲要等六个方面建立了多层次、宽领域、全方位的科技合作关系，进一步丰富了院区合作内涵，拓展了合作领域，为新疆产业发展和经济增长提供了有力的科技支撑
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