新疆社会科学院宗旨和方针在办院的宗旨和方针上坚持“二为”和“三结合三为主”
“二为”：即为新疆的改革发展稳定服务，为自治区党委、人民政府决策服务
“三结合三为主”：即理论研究与实际问题研究相结合，以研究实际问题为主；历史研究与现实问题研究相结合，以研究现实问题为主；全国性问题研究与新疆问题研究相结合，以研究新疆问题为主
总体目标是经过5年左右的努力奋斗，使新疆社会科学院成为全国一流的省级社科院、若干学科达到国内一流、国际知名的学术水平
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