新疆社会科学院机构设置科研机构哲学、中特理论研究中心、经济、民族、历史、宗教、中亚、法学、农村发展、民族文化、语言、社会学等12个研究所
科辅机构一个藏书32万册的图书馆，一个杂志社，出版维、汉、哈三种文字的《新疆社会科学》和汉文版《西域研究》共四种国内外公开刊物
管理机构院办公室、组织人事处、科研外事处、总务处
党群机构机关党委、纪检委（监察室）、工会、团总支
附属机构离退休职工管理服务中心
6个非行政编制的研究中心：即新疆邓小平理论研究中心、新疆经济发展战略研究中心、新疆民族宗教问题研究中心、新疆国际问题研究中心、西域研究中心、新疆文化发展研究中心
与地州联合创办的经济社会发展研究所：即新疆博州社会经济发展研究所、伊犁州社会经济发展研究所和阿克苏社会经济发展研究所
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