中国人民解放军海军工程大学院系设置截至2018年，学校下设1部（基础部）、6院（动力工程学院、电子工程学院、电气工程学院、兵器工程学院、舰船与海洋学院、核科学技术学院）、4系（信息安全系、管理工程与装备经济系、作战运筹与规划系、政治理论系）
截至2018年，共有34个本科专业
专业大类专业小类专业名称理学物理学类物理学工学机械类机械工程材料类材料科学与工程能源动力类能源与动力工程电气类电气工程及其自动化电子信息类通信工程光电信息科学与工程水声工程自动化类自动化计算机类计算机科学与技术信息安全水利类港口航道与海岸工程测绘类导航工程交通运输类轮机工程船舶电子电气工程海洋工程类船舶与海洋工程兵器类武器系统与工程武器发射工程信息对抗技术核工程类核工程与核技术辐射防护与核安全安全科学与工程类安全工程军事学作战类运筹与任务规划目标工程火力指挥与控制工程大数据工程装备类指挥信息系统工程雷达工程导弹工程无人装备工程测控工程电磁发射工程装备经济管理管理学管理科学与工程类
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