内蒙古医科大学科研机构截至2023年4月，学校有自治区级协同创新中心1个、自治区级协同创新培育中心1个、自治区重点实验室8个、自治区工程技术研究中心4个、内蒙古自治区工程研究中心5个、自治区高校重点实验室4个、自治区医疗卫生重点实验室4个、社会科学创新平台1个、自治区人文社会科学重点研究基地1个

内蒙古蒙医药博物馆和内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所设在学校

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