法国海军学院专业训练除了共同科目学习外，还有专业训练

学员的专业学习由法国海军学院的教员负责，分三个阶段进行，每个阶段都在教员的指导下围绕一个主题进行：第一阶段，学习的科目是参谋业务、组织、方法、任务和管理

学习的主要内容是参谋业务、地缘政治、战争原则、信息与运筹学、防务政策与使命、预算与计划组织

该阶段有4次作业，作业内容是拟制作战命令和正确判断形势

第二阶段，学习的科目是人员、装备、战术

学习的主要内容是海军航空兵部队的主要作战特点、安全防务、通信、探测、电子战、卫星与导航、反潜斗争、防空斗争、水面舰艇作战、水雷战、后勤、核能与武器、潜艇、海军航空兵、外国海军、人事、部队见习

该阶段有8次作业，作业内容是分析核打击目标、保护反潜部队、水面舰艇作战、机动后勤支援、反水雷战和防空作战配置

另外还有3次图上演习，其内容是水面舰艇作战、制定快速行动作战计划等

第三阶段，学习的科目是总体战略和军事战略

学习的主要内容是总体战略、情报、危机、军事战略、法国与大西洋盟国、海上战场研究、商船航行的研究

该阶段要进行1次图上推演，内容是敌航空兵、潜艇和水面舰艇威胁情况下的海上作战；还有2次研究，内容是海上战区和海上交通线，危机情况下如何控制与保护海上交通线

法国海军学院十分重视学员指挥领导才能的培训，法国海军所有的军官都必须经过海军学院培训，其目的在于使海军军官在领导指挥能力上有一个较高的水准

在海军学院的教学计划中，人文社会科学占45%

人文社会科学开设的伦理道德、社交演讲、法律、历史、地理海洋、外语等课程，其宗旨就是把学员培养成为一个具有政治头脑和管理能力的海军军官

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