黑龙江省社会科学院科研部门据2018年7月黑龙江社科院官网显示，黑龙江社科院设有13个研究所（中心）
院研究所：历史研究所、政治学研究所、经济研究所、哲学与文化研究所、社会学研究所、文学研究所、俄罗斯研究所、东北亚研究所、应用经济研究所、农村发展研究所、犹太研究中心、法学研究所 院研究中心：邓小平理论研究中心、东北亚和国际问题研究中心、对俄法律咨询中心、省廉政建设研究中心、萧红国际研究中心、渤海国史研究中心、黑龙江省反邪教研究中心、乡镇发展与建设研究中心、日本问题研究中心、黑龙江伊玛堪研究中心、黑龙江省工运理论研究中心、黑龙江省残疾人事业发展研究中心、中俄自贸区研究中心、地方法治研究中心
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