福建农林大学科研机构截至2023年5月，学校建有省部共建国家重点实验室1个、国家工程技术研究中心2个、省部共建2011协同创新中心2个、国家地方联合工程实验室（研究中心）2个、教育部国际合作联合实验室1个、教育部重点实验室（工程研究中心）4个、教育部区域和国别研究中心1个、农业农村部重点实验室3个、国家林业和草原局重点实验室（工程技术研究中心、研究中心）6个、自然资源部工程技术创新中心1个

 2022年9月，福建农林大学等高校联合发起成立全国高校碳中和人才培养联盟 

福建农林大学自然科学类国家、部级科研机构一览表机构名称批准单位国家重点实验室省部共建闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室科技部国家工程技术研究中心国家菌草工程技术研究中心科技部国家甘蔗工程技术研究中心科技部省部共建协同创新中心菌草生态产业省部共建协同创新中心教育部国家地方联合工程研究中心（工程实验室）天然生物毒素国家地方联合工程实验室（福建）国家发改委菌草综合开发利用技术国家地方联合工程研究中心（福建）国家发改委国家现代农业产业技术研发中心国家甘蔗产业技术研发中心（“十二五”期间）农业农村部引智基地亚热带作物害虫生态防控创新引智基地国家外国专家局部级重点实验室（观测站）、研究中心生物农药与化学生物学教育部重点实验室教育部作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室教育部蜂产品加工与应用教育部工程研究中心教育部闽台特色海洋食品加工及营养健康教育部工程研究中心教育部海洋生物科技创新公共服务平台-南方红壤区水土保持国家林业和草原局重点实验室国家林业和草原局植物纤维功能材料国家林业和草原局重点实验室国家林业和草原局兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室（我校共建）国家林业和草原局国家林业和草原局杉木工程技术研究中心国家林业和草原局国家林业和草原局森林公园工程技术研究中心国家林业和草原局福建长汀红壤丘陵生态系统定位观测研究站 国家林业和草原局农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室农业农村部农业农村部闽台作物有害生物综合治理重点实验室农业农村部农业农村部东南黄红麻科学观测实验站农业农村部农业农村部福建蜜蜂生物学科学观测实验站农业农村部福建省尤溪县国家级农作物品种区域试验站农业农村部国家水利风景区研究中心水利部景区办部级检验测试中心农业农村部甘蔗及制品质量监督检验测试中心农业农村部国家农作物品种改良中心、分中心国家糖料作物改良中心福州甘蔗分中心农业农村部国家食用菌品种改良中心福建分中心农业农村部国家农产品加工技术研发中心、分中心国家农产品加工技术研发（蔬菜）专业分中心农业农村部国际合作、闽台交流基地害虫生态防控国际合作联合实验室教育部联合国(中国)实蝇防控研究中心联合国粮农组织/国际原子能机构联合司菌草技术国际科技合作基地科技部闽台作物害虫生态防控国际科技合作基地科技部海峡两岸科技产业合作基地（成员单位）科技部农业农村部海峡两岸农业技术合作中心农业农村部台湾农民创业园科技服务中心国台办 

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