中国热带农业科学院橡胶研究所科研部门据2018年1月研究所官网资料显示，研究所设有遗传育种研究室、栽培与生态研究室、土壤肥料研究室、生理生化研究室、采胶研究室、林下经济研究室、木材综合利用研究室、产业发展研究室、智能化采胶设备研究室、天然橡胶加工研究室、橡胶植保研究室等11个研究室及天然橡胶科技服务中心，另设有油棕研究中心
研究所拥有国家橡胶树种质资源圃、国家橡胶树育种中心、国家天然橡胶产业技术体系、农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室、农业部儋州热带作物科学观测实验站、省部共建国家重点实验室培育基地――海南省热带作物栽培生理学重点实验室、国家重要热带作物工程技术研究中心橡胶分中心等8个国家级和省部级科技平台
研究所已建成橡胶树新品种培育基地、 橡胶树高产栽培试验示范基地、橡胶树良种繁育基地、橡胶树保护性栽培苗圃、橡胶园土壤肥料定位监测基地等
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