云南省农业科学院正式成立云南省农业科学研究所1958年，西南农业科学研究所与云南省农业试验站合并，成立云南省农业科学研究所
同年，云南甘蔗试验站下放云南省轻工厅领导，更名为云南省轻工研究所开远工作站
1961年，云南甘蔗试验站下放红河州领导，同时开远甘蔗试验站和曲溪棉作试验站合并成红河州作物研究所
1963年，红河州作物研究所收归云南省农业厅领导，改名开远甘蔗试验站
1970年，草坝蚕种场下放由红河州革委会领导管理
1973年，草坝蚕种场更名为云南省蚕桑研究所
1974年，开远甘蔗试验站划归云南省农业厅领导，改名为云南省甘蔗科学研究所
云南省农业科学院1976年，撤销云南省农业科学研究所，成立云南省农业科学院，并对省蚕桑科学研究所与甘蔗研究所等所实行全面领导，云南省甘蔗科学研究所划归云南省农业科学院领导，改名为云南省农业科学院甘蔗研究所
1979年，云南省农科院蜜蜂研究所成立
1990年，蚕桑科学研究所和蜜蜂研究所合并为蚕桑蜜蜂研究所
2005年，云南省农科院红瑞柠檬研究所成立
2010年，云南省农科院甘蔗研究所柠檬研究划入云南省农科院热经所
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