云南省农业科学院科研部门根据2017年11月机构官网显示，全院下设17个专业研究所，其中昆明有11个研究所，其他6个研究所分布在楚雄、保山、红河、版纳、丽江等5个州（市）；拥有国家观赏园艺工程技术研究中心等科技创新平台173个

 国家级科研机构（6个）：国家水稻改良（云南）分中心、国家果树种质云南特有果树砧木资源圃、中国绿色食品定点监测中心（昆明）、国家糖料云南甘蔗品种改良分中心、国家甘蔗种质资源圃、国家种质勐海茶树分圃农业部科研机构（5个）：农业部南方大豆原原种繁育中心、农业部南方高原农业生物技术重点开放实验室、农业部花卉质量监督检验测试中心（昆明）、农业部农产品质量监督检验测试中心（昆明）、农业部植物新品种测试（昆明）分中心云南省科研机构（3个）：云南省农作物原原种繁育中心、云南省生物技术重点实验室、云南省蔬菜良种繁育基地共建科研机构（7个）：共建云南省农科院文山丘北辣椒研究所、共建云南省农科院富源魔芋研究所、共建云南省农科院曲靖万寿菊研究所、共建云南省农科院文山药用植物试验研究基地、共建云南省农科院红瑞柠檬研究所、共建西双版纳普洱茶研究院、共建云南省农科院中国茶业股份有限公司普洱茶研究院 院属研究所（17个）：粮食作物研究所、园艺作物研究所、农业经济与信息研究所、经济作物研究所、生物技术与种质资源研究所、花卉研究所、农业环境资源研究所、质量标准与检测技术研究所、农产品加工研究所、国际农业研究所、茶叶研究所、热带亚热带经济作物研究所、高山经济植物研究所、热区生态农业研究所、蚕桑蜂蜜研究所、甘蔗研究所、药用植物研究所 

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