云南中医学院学报影响因子据2018年6月23日中国知网显示，《云南中医学院学报》总被下载487381次、总被引18222次；（2017版）复合影响因子为0.833、（2017版）综合影响因子为0.465
据2018年6月23日万方数据知识服务平台显示，《云南中医学院学报》被引量为8887次、下载量为77144次；2015年影据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《云南中医学院学报》影响因子为0.93，在全部统计源期刊（6735种）中排第1184名，在大学学报（医药卫生）、中国医学（205种）中排第69名
《云南中医学院学报》2017年中国知网复合影响因子为0.833，在全国24所中医院校学报中排名第10；2017年万方影响因子为0.845，在云南省高校自然科学类学报中排名第3
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