新疆医科大学学科建设学科体系截至2023年1月，学校有4个学科入选自治区“十四五”重点学科建设序列，其中1个学科入选优势学科（自治区一流学科），3个学科入选特色学科；有5个一级学科博士学位授权点、2个专业博士学位授权点；13个一级学科硕士学位授权点、8个硕士专业学位授权点；4个博士后科研流动站、4个博士后科研工作站

 博士后科研工作站：新疆维吾尔自治区中医院博士后科研工作站、新疆维吾尔自治区肿瘤医院博士后科研工作站等博士后科研流动站：临床医学、公共卫生与预防医学、药学、中西医结合 博士学位授权点一级学科名称二级学科名称临床医学（含18个二级学科）内科学（含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病）、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学（含：普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤）、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、重症医学*药学（含8个二级学科）药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、临床药学*、社会与管理药学*公共卫生与预防医学（含5个二级学科）流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学基础医学（含6个二级学科）人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学中西医结合（含2个二级学科）中西医结合基础、中西医结合临床资料来源： 注：*为自设目录外二级学科硕士学位授权点一级学科名称二级学科名称生物学生理学、遗传学、生物化学与分子生物学基础医学（含9个二级学科）人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学人类生殖学、医学分子生物学、临床药理*临床医学（含18个二级学科）内科学（含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病）、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学(含：普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤)、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、重症医学*口腔医学（含2个二级学科）口腔基础医学、口腔临床医学公共卫生与预防医学（含5个二级学科）流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学中医学（含13个二级学科）中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、针灸推拿学、民族医学中西医结合（含2个二级学科）中西医结合基础、中西医结合临床药学（含8个二级学科）药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、临床药学*、社会与管理药学*中药学——护理学（2个二级学科）临床护理学*、社区护理学*公共管理（含4个二级学科）行政管理、社会医学与卫生事业管理、教育经济与管理、社会保障马克思主义理论思想政治教育生物医学工程————2个交叉学科：包虫病学、健康管理学资料来源：  注：*为自设目录外二级学科硕士、博士专业学位授权点专业学位授权点（博士点2个，硕士点8个）临床医学博士专业学位（M.D.）中医博士专业学位（DCM）临床医学硕士专业学位（M.M.）中医硕士专业学位（MCM）口腔医学硕士专业学位（S．M．M）公共卫生硕士专业学位（MPH）中药学硕士专业学位（MCMM）药学硕士专业学位（M.Pharm）护理硕士专业学位（MNS）生物与医药硕士专业学位资料来源： 自治区“十三五”重点学科学科类别学科名称高峰学科临床医学高峰学科中西医结合高原学科基础医学高原学科药学高原学科公共卫生与预防医学高原学科中医学资料来源： 自治区“十四五”重点学科建设类别学科名称优势学科振兴工程建设学科（自治区一流学科）临床医学特色学科创新工程建设学科药学公共卫生与预防医学中医学资料来源： 学科排名临床医学、药理学与毒理学学科进入ESI（基本科学指标数据库）全球排名前1%，千分位最新排位分别为2.56‰、9.41‰

 在全国第四轮学科评估结果中，6个学科进入前70%，其中药学为B-（前30%～40%），临床医学为C+（前40%～50%），中西医结合、公共卫生与预防医学为C（前50%～60%）,基础医学、护理学为C-（前60%～70%）

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