中国医药大学学术实力历经近半世纪的深耕，本校已发展成为全国甚至全世界最具中、西医药学整合特色之优秀高等教育学府，并逐渐落实中医药科学化、现代化和国际化，以及开创中、西医结合的新兴医学
荣获上海交通大学世界大学学术排名前200大，及世界临床医学与药学领域133名
英国泰晤士高等教育（Times Higher Education，简称THE）世界大学排名前500大，新兴经济体大学排名35名、亚洲大学排名46名，是台湾私立大学第一名
QS世界大学学科排名，荣获药理学排名102名，医学排名151~200名
2013年发布的中国·两岸四地大学排名中，在两岸四地高校中列第49位，台湾地区第13位
2014年荣获第二期迈向顶尖大学计划之顶尖研究中心补助，设立中医暨针灸研究中心，获得每年1亿元补助自2014年起至2018年止，中国医列为17所顶尖大学之一
2018年荣获软科世界大学学术排名第244名（台湾第2名、私校第1名）2018年英国「泰晤士高等教育」亚洲最佳二百大名校排名第72名（台湾第6名、私校第1名）2018年CWUR世界大学排名中心公布全球前1,000大大学排名第548名（台湾排名第9名） 2019年英国《泰晤士高等教育》（THE）新发布「2019亚洲大学排名」（Asia University Rankings 2019）揭晓，中国医药大学在亚洲排名前60，较2018年提升12个名次，台湾排名第3，私立大学排名第一2021年，学校在2021软科世界大学学术排名（ARWU）中列第201-300段
2022年，学校在2022软科世界大学学术排名（ARWU）中列第201-300段
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