岭东佛学院存在问题岭东佛学院复办已有八个年头了，这不长不短的时间里，在党和政府、统战宗教部门的领导下，在两任院长的智慧决策下，全院师生齐心努力下，虽然也取得了一些成绩，总结了部分经验，但是我们还必须面对许多问题，主要有几个方面：首先，办学经费短缺
学院的费用包括教职员工的工资、学僧每月生活补贴、医疗费、购买材料和教学资料、添置各种设施用品、日常办公支出、节假补贴、寒暑假探亲旅差等各项费用，每年四期《人海灯》杂志，属完全赠阅性质，印刷、稿酬、邮寄托运等费用，合计每年的开支总额达数拾万元，完全由开元寺支付，主办单位广东省佛教协会在财力物力上虽尽力帮助支持，但经费的来源没有一个固定的保障
其次，师资相对缺乏，尤其缺少一些德才兼备，既能讲课，又能搞管理，个人修持严谨，愿意献身佛教教育事业的青年法师，师资力量的薄弱，有时会直接影响到教学质量的提高及佛学院发展的进程
再者，学院各项规章制度还有待在实践过程中进一步健全
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