南京航空航天大学自动化学院院系专业据2020年2月学院官网显示，学院设4个系，开办5个本科专业
系：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系本科专业：自动化、电气工程与自动化、测控技术与仪器、生物医学工程、探测制导与控制技术
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