延安民族学院机构设置民族学院直属西北局民族工作委员会领导，边区政府主持开办
学校初设教育、总务两处，该处下设教育室、注册室，主管干部和学员的政治思想教育，教学计划的制订和教学活动的安排，以及校风校纪的监督等工作
稍后设立干部处
之后还设立了研究部，后改为研究处，该处下设回族、蒙古族和藏族（包括西南少数民族）3个研究室，主要任务是调查研究各少数民族的历史、政治、经济、文化、社会风俗和党的民族政策，并担负着教学任务
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