中国科学院近代物理研究所科研机构截至2019年9月，近代物理研究所建有1个国家实验室，2个中国科学院重点实验室，2个甘肃省重点实验室，此外，还建有甘肃省粒子束辐射工程技术研究中心和甘肃省辐照诱变育种工程实验室
国家实验室：兰州重离子加速器国家实验室中国科学院重点实验室：中科院高精度核谱学重点实验室、中科院重离子束辐射生物医学重点实验室甘肃省重点实验室：甘肃省空间辐射生物学重点实验室、甘肃省重离子束辐射医学应用基础重点实验室
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