广东省科学院生态环境与土壤研究所科研平台据2019年4月研究所官网资料显示，研究所建有广东省农业环境综合治理重点实验室、广东省环境科学与技术公共实验室、农田土壤污染防控与修复技术国家工程实验室（共建单位）、广东省土壤污染修复与装备工程中心、广东省面源污染防治工程中心、韶关农田重点污染修复定位试验站、广东省土壤种质资源库、广东省土壤科学博物馆等创新平台
研究所是广东省土壤学会、中国环境资源与生态保育学会的依托单位，世界水土保持协会（WASWC）执行机构
研究中心：土壤与土地资源研究中心、污染控制与修复研究中心、水土保持与非点源污染研究中心、区域景观与土壤生态研究中心、红壤生物地球化学研究中心、土壤固碳技术研究中心
支撑部门：土壤修复技术与装备工程中心、污泥处理处置工程中心、水土保持生态工程中心、土壤资源环境信息中心、土地资源与信息工程中心、分析测试中心、咨询服务中心
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