仲恺农业工程学院机电工程学院专业设置现设能源系、机械制造系、机械电子系等三个系和实验中心，以及人工环境与控制研究所和现代农业工程研究所等两个校级研究机构，有热能与动力工程、机械设计制造及其自动化、机械电子工程三个本科专业，农业机械化和设施农业等两个专业硕士学位点
机械设计制造及其自动化为学校重点学科，热能与动力工程为省级特色专业
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