藏医药研究所主要职责承担国家及中心重点科研课题任务
进行藏医基础理论、藏医古文献和藏医医疗技术研究，推动藏医医疗技术的标准化、规范化和医疗体系的现代化；负责研究和开发藏药秘方、配方；改革医药传统剂型；加强藏医临床疗效的实验和研究；研究推动藏医药和西药，藏西药与我国其他民族医药的有机结合；组织协调全国藏医药研究力量，积极开展我国藏医药研究工作对外交流适宜，积极宣传党和政府有关藏医药的方针政策，宣传解放以来我国藏医药事业取得的成就
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