国家地质实验测试中心下设部门测试中心下设14个部门
其中，职能部门包括办公室、财务资产处、科技外事处、人事教育处、监察审计处、条件保障处和技术质量管理处；业务部门包括新技术研究室、无机分析研究室、有机分析研究室、生态环境地球化学研究室、油气能源地球化学研究室、标准化研究室和《岩矿测试》部
有国土资源部生态地球化学重点实验室，中国地质调查局元素微区与形态分析重点实验室，中国地质调查局地质分析测试技术标准研究中心业务中心，中国地质科学院元素微区与形态分析重点实验室，中国地质科学院Re-Os同位素地球化学重点实验室，另有工会及有关学术挂靠组织
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