公安部第三研究所机构核心业务部门包括：六个全资（控股）公司：上海国际技贸联合有限公司、上海辰锐信息科技公司、上海网盾智能科技发展有限公司、上海海盾安全技术培训中心、上海公共安全器材厂、北京锐安科技有限公司；三个事业部：特种技术事业部、刑侦事业部、eID（网络身份技术）事业部；三大中心：信息网络安全技术研发中心、物联网技术研发中心、检测中心；三个研究室：928实验室、治安信息技术研究室、经侦技术研究室；一个区域研发中心:华南技术研发中心;一个基地：公安部国家级专业技术人员继续教育基地；一本杂志：中文核心期刊《信息网络安全》
拥有网络事件预警与防控技术国家工程实验室、信息安全等级保护关键技术国家工程实验室、大数据协同安全技术国家工程实验室、国家反计算机入侵和防病毒研究中心、国家网络与信息系统安全产品质量监督检验中心、信息网络安全公安部重点实验室、公安部信息安全产品检测中心、公安部信息安全等级保护评估中心等一批国家级、省部级创新平台
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