甘肃自然能源研究所机构设置该所下设：党政办公室、研究与开发处、工程技术咨询培训处、国际合作技术促进转让处、财务资产管理处；太阳能光热技术研究室、太阳能光伏发电技术研究室、太阳能建筑设计研究室、太阳能水处理研究室、风能应用技术研究室、生物质能技术研究室、节能技术研究室、农村能源适用技术研究室、太阳能产品性能质量检测中心、太阳能信息网络中心等十个不同专业领域的实验室，两个太阳能实验示范基地，三个开发实体和一个专业太阳能建筑设计所
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