四川农业大学玉米研究所科研部门根据2020年6月四川农业大学玉米研究所官网显示，研究所设有分子生物学、基因工程、细胞工程、数量遗传与生物信息学和玉米育种学5个研究室，此外拥有3个研究基地；建设有教育部和四川省共建重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，农业部重点实验室1个
研究基地：雅安多营育种基地、云南西双版纳南繁基地、成都温江试验站 省部共建重点实验室：作物基因资源与遗传改良重点实验室 教育部工程研究中心：西南作物育种教育部工程研究中心 农业部重点实验室：西南玉米生物学与遗传育种重点实验室
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