中国农业科学院农田灌溉研究所科研部门根据2017年11月研究所官网显示，研究所有职能部门4个、中国农业科学院农业科技创新工程科研团队7个、支撑部门4个，建有国家级科研平台1个、省部级科研平台6个、院级平台4个
国家野外科学观测研究站（1个）：河南商丘农田生态系统国家野外科学观测研究站中国农科院重点实验室（1个）：中国农科院农业水资源安全高效利用重点开放实验室中国农科院观测站（1个）：中国农科院新乡农业水土环境野外科学观测试验站农业部科研机构（2个）：农业部作物需水与调控重点开放实验室、农业部商丘农业环境科学观测实验站水利部科研机构（2个）：水利部灌溉试验总站、水利部节水灌溉设备质量检测中心河南省科研机构（1个）：河南省节水农业重点实验室农科院科技创新团队建设计划团队（3个）：作物高效用水创新团队、节水灌溉技术创新团队、农业水资源与水环境创新团队
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