上海市疾病预防控制中心职能为适应疾病谱和医学模式改变,扩大疾病预防控制功能,优化卫生防病资源,增强突发公共卫生事件应急能力,提高卫生防病科技水平和服务质量,根据全国和上海市卫生工作会议精神和要求,1998年11月上海在全国率先组建成立了第一个省级疾病预防控制中心――上海市疾病预防控制中心
同时,按照功能对应、分级管理和能级指导的要求,组建区、县疾控中心和社区卫生服务中心,形成上海市疾病预防控制三级网络体系
按预防医学专业设置传染病防治部、慢性病防治部、环境职业卫生部以及下属的25个专业科室
上海市疾病预防控制中心先后设置了公共卫生应急处置办公室、传染病防治管理办公室、疾病社区综合防治办公室、健康促进管理办公室和信息管理办公室等5个综合业务管理部门,上海市疾病预防控制中心是实施政府公共卫生职能的核心专业机构,决策咨询拟定疾病防治策略、措施、规划、技术方案、标准和规范
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