中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所研究部门据2017年1月研究所官网显示，研究所拥有2个国家林业局重点实验室、1个国家级台站、6个森林生态定位研究站、7个国家林业局科研平台及其他3个国家级研发和管理中心，建有林业微生物资源平台、自然保护区生物标本标准化整合平台
国家林业局重点实验室：国家林业局森林生态环境重点实验室、国家林业局森林保护学重点实验室 国家级台站：江西大岗山森林生态系统定位研究站 森林生态定位研究站：湖北秭归定位站、山东昆嵛山定位站、宁夏六盘山定位站、河南宝天曼定位站、海南霸王岭固定样地、新疆库尔德宁森林生物多样性监测大样地 国家林业局科研平台：国家林业局生物防治工程技术研究中心、国家林业局虎保护研究中心、国家林业局有害生物检验鉴定中心、国家林业局生态环境监测总站、国家林业局碳汇计量与研究中心、国家林业局全国野生动植物研究与发展中心、国家林业局森林防火研究中心 其他国家级研发和管理中心：全国鸟类环志中心、中国林业微生物保藏管理中心、环境影响评价中心
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