中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所设备资源仪器设备据2017年1月研究所官网显示，研究所拥有TRL 总有机碳测定仪、LI-COR 4300S DNA序列与遗传分析系统、ALPHAMOS Heracles 便携式电子鼻等仪器设备

 国家林业局森林生态环境重点实验室还拥有森林生态学研究方面的大量仪器设备合计97台套，仪器原值共计1326余万元，其中，10万元以上的大型仪器设备合计42台套，原值共计1180余万元

实验室配置了光合仪、导水率仪、年轮仪、叶面积仪、冠层仪、水势仪、多通道土壤碳通量自动测定系统、间断化学分析仪以及植物生长培养箱等生态仪器设备；配置了高压液相色谱仪、等离子发射光谱仪、气相色谱仪、光合测定仪、离子色谱仪等大型化学分析精密仪器

国家林业局森林保护学重点实验室拥有从事森林保护学领域研究的大量仪器设备，共计84台（套），仪器价值1286万元，如气-质联用仪、液-质联用仪、气相色谱仪、高压液相色谱仪、全自动氨基酸分析仪、离子色谱仪及有机化学处理间；原子吸收光谱仪、等离子体发射光谱仪、紫外-可见分光光度仪、全自动凯氏定氮仪、全自动原子荧光光度仪及三个设施齐全的化学与物理处理间；温度梯度PCR仪、普通PCR仪、高端凝胶成像系统、酶标仪、各种高倍体视、倒置、荧光及一般生物显微镜、高压灭菌装置、超速及高速冷冻离 心机、二氧化碳临界点干躁仪、超净工作台、多台植物生长培养箱及设施完备的养虫间和组培间等

 馆藏资源据2017年1月研究所官网显示，研究所建立有植物标本、动物标本、森林昆虫标本和森林病害及线虫标本的标本馆，馆内涵盖森林植物、昆虫、病害、森林鸟类与动物标本

标本馆新馆收藏腊叶标本约12万份、约212科、1370属，8000多种，以中国的木本植物为主，西南、秦岭和华南地区标本较多

昆虫标本馆有成虫标本22个目、220余科、23.5万号、7700余种；另外，还有模式标本600种、生活史标本243套、幼虫标本3000余种以及植物病害标本16000余份

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