广东省医学会机构设置医学会设有办公室、学术部、医疗事故技术鉴定办公室、组织管理部、科技信息部、科技开发部共6个职能部室
其中，学术部职能主要是负责学术交流、继续医学教育项目管理、专科分会管理、大型设备上岗考证组织与管理、优秀论文评选、医学科技奖评审、推荐中华医学科技奖、本会医学系列杂志管理、会员代表大会等工作；医疗事故技术鉴定办公室主要负责组织、实施对医疗事故的技术鉴定；组织管理部主要负责广东省医学会会员、广东省医学会单位会员、广东省医学会专科会员以及理事会、常务理事会的管理工作；科技信息部负责学会网络管理，并以网络为依托，逐步进行学会办公现代化建设以及科技信息开发；科技开发部主要负责围绕医学科技，协助医学专家将科技成果转化为生产力
九十年的历史，造就了医学会成熟的专科分会和会员队伍
已拥有了几乎覆盖所有专业学科的72个专科分会，近2万名会员
专科分会组成人员涵盖了我省各个专业学科的主要专家
学会已成为医学界公认的具有广泛影响力的医学科技学术团体，在我省具有无可取代的学术权威
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