上海市动物疫病预防控制中心组织目标中心以科技创新为宗旨，以科学管理为手段，以优质服务为目标，以文明创建为抓手，扎实履行工作职能，努力争创一流业绩，十年来获上级部门颁发的各类荣誉70余项，各条战线硕果累累

行政方面，中心先后获得全国动物防疫工作目标管理考核甲等、全国动物防疫重点工作落实情况检查中检疫工作甲等、全国兽药质量监督残留监控先进集体、全国兽药残留监控先进集体、全国饲料质检体系30年饲料质量安全监测先进单位、全国饲料质检体系30年饲料检测技术研究先进单位、饲料质量安全整治暨执法年行动先进集体全国“助奥行动”先进集体、全国农业科普先进集体、市A级财务会计信用等荣誉称号

科研方面，中心组织实施的各类科技项目60多项，其中获国家科技进步奖2项、全国农牧渔业丰收奖2项、上海市科技进步奖3项、上海市科技发明奖1项；主持编写地方标准43项，其中4项标准获市级科技奖励；有3项技术成果获国家知识产权局专利证书

党工团方面，中心被评为市农委文明单位、市级平安单位、市级健康单位，党支部被评为“上海市经济工作党委系统先进基层党组织”、“市农委党组先进党支部”，团支部被评为“市级机关先进团组织”、“市农委先进团支部”，兽医和药检实验室被评为“上海市新长征突击队”、“共青团号”，兽医疾病诊断中心被评为“上海市红旗班组”，兽药残留室被评为“上海市文明岗”，城区动物防疫科被评为“市农委系统新长征突击队”

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