中国内部控制研究中心运行机制研究中心的运行采取专家委员会指导下的主任负责制
专家委员会从战略发展与业务指导的角度对中心的研究动向、研究计划．课题设计、研究难点等方面给予指导并提出专业化建议
中国内部控制研究中心设置主任1名，全面负责中心的日常营运工作；副主任3名，参与中心的重大事项决策
另外，指定属于会计学院教师的1名副主任为常务副主任．协助中心主任负责中心的日常管理工作
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