福建省疾病预防控制中心下设科室中心共设33个科室：其中职能科室8个，业务科室25个
为发挥专业优势，中心开设预防接种和结核病治疗两个门诊部
中心设有卫生部定点的艾滋病确认中心实验室、保健食品功能学评价实验室、脊髓灰质炎监测实验室、化妆品卫生安全性检测实验室和农业部认定的卫生杀虫剂毒理学试验实验室，是商务部2004年首批确定的食品安全定点检测机构，有省科技厅批准的省重点公共实验室中心啮齿类动物实验室、实验动物质量检测室
是福建医科大学的教学基地，博士、硕士研究生教学点，是福建省公共卫生执业医师考试基地
由于国家对公共卫生日益重视，中心实验室能力建设得到不断加强，新建了卫生检测大楼，改造装修了旧实验大楼，中心实验室面积达到了1万平方米
中心于1996年正式通过计量认证
2005年11月，正式通过中国实验室国家认可委的资格认证
2006年，又在全国省级疾控机构率先通过卫生部和国家认可委对BSL-3实验室的认证
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