联合国教育科学文化组织教师教育中心组织架构中心采用理事会领导的主任负责制
中心理事会全面监管中心的工作，具体运行由中心主任负责，并设立专家咨询委员会为中心主任提供建议
此外，设立中心党支部、中心行政及国际事务办公室、教师教育研究室、教师能力建设办公室以及信息技术办公室六个主要部门，随着事业的发展，还将设立支援保障办公室
中心将每年聘请国际、国内一流教师教育专家各两名作为客座教授(研究员)来中心工作，并聘请若干项目专员参与中心能力建设、技术服务和信息共享等工作
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