四川农业大学水稻研究所科研部门根据2020年4月四川农业大学水稻研究所官网显示，研究所设有10个研究室；此外建设有1个四川省级重点实验室，1个省级工程研究中心
研究室：生物技术研究室、水稻遗传研究室、杂种优势研究室、品质改良研究室、逆境生理研究室、种子工程研究室、再生稻研究室、水稻栽培研究室、水稻广谱持续抗性研究室、水稻重大病害抗性机制研究室 四川省级工程研究中心：四川省农业生物技术工程研究中心 四川省级重点实验室：作物生理生态及栽培四川省重点实验室
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