北航学院内设机构在学院内部，设立有综合办公室、教学工作部、学生工作部以及士谔、冯如、士嘉、守锷、致真、知行六大书院，从全校优选知名学者担任书院院长，由国家级名师等担任大类责任教授，设立十个大类核心课程群，学院以厚基础、强能力、重素质、拓思维为目标，系统性构建大类培养方案，着力推进教学与学习的融合一体建设
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