上海市虹口区疾病预防控制中心获得荣誉自1983年以来，经市卫生防疫站（现改名为市疾病预防控制中心）的业务考核评比，成绩一直名列前茅，连续14年被评为优秀
在此期间1985-1986年被评为市精神文明单位，1986年被卫生部命名为上海市先进集体，连续12年被评为区级文明单位，2000?2001年又被评为上海市卫生系统精神文明先进单位,并且在区卫生局各项目标管理考核中连续多年名列前茅
中心内各门类档案为中心的各项管理工作、为中心领导的决策，科研等工作发挥了重要的作用
1997年10月中心通过了上海市科技事业单位档案管理市级先进单位的考评,1998年12月又通过科技事业单位档案管理国家二级先进的评审
2020年9月，上海市委、市政府决定，授予其“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号
2021年10月，被授予“2021年上海市五一劳动奖状”称号
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