中国辐射防护研究院科研部门根据2018年6月研究院官网信息显示，研究院下设6个研究所、1个研发中心，此外有1个环境保护部重点实验室、3个集团公司重点实验室及1个集团公司工程技术中心
环境保护部重点实验室（1个）：国家环境保护环境与健康重点实验室中国核工业集团公司重点实验室（3个）：辐射防护技术重点实验室、核环境模拟与评价技术重点实验室、高放废物地质处置评价技术重点实验室中国核工业集团公司工程技术中心（1个）：核设施退役与放废处理工程技术中心院属研究所（6个）：保健物理研究所、核应急与核安全研究所、放射医学与环境医学研究所、核环境科学研究所、三废治理研究所、环境工程技术研究所院属研发中心（1个）：生物材料研发中心
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