陕西省生物农业研究所科研部门据2023年7月研究所官网数据，陕西省生物农业研究所下设党政综合办公室和4个科研中心，另建有4个支撑平台
科研中心：种质创新与分子育种研究中心、农业生物技术研究中心、有害生物监测与防控研究中心、土壤保育与修复研究中心支撑平台：生物技术发酵中试平台、大荔生物农业研究示范基地、毛乌素生态试验站、临潼特种玉米和小麦新品种繁育基地
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