学海堂书院著作他毕生仕宦特达，但撰述编纂工作未尝稍辍

他学问渊博，在经学、方志、金石学及诗词方面都有很高造诣，尤以音韵训诂之学为长

著书180余种，编著有《皇清经解》《经室集》等

值乾嘉文化鼎盛之时，阮元标领文坛数十年，海内尊之为学界泰斗

早岁编集金石书画目录，为《石渠随笔》、《山左金石志》、《两浙金石志》

任浙江学政时邀臧庸兄弟、何元锡、陈鳣等学者编《经籍纂诂》一百一十六卷，于嘉庆五年（1800）刊行，翌年刊刻清初以降浙江诗人作品为《两浙輶轩录》四十卷

又翌年立诂经精舍，刊《诂经精舍文集》十四卷

丧父守制期间，刊《十三经校勘记》，又蒐罗《四库全书》未收书，编为《四库未收书目提要》目录进呈御览

数年后，撰成《畴人传》五十九卷，为中国历代天文历算家之专门史

道光二十一年（1816）刊刻宋本《十三经注疏》；创立学海堂期间，刊《学海堂丛刻》

阮氏亦重视修志，所修志书著名者有《浙江通志》、《广东通志》、《云南通志》、《扬州图经》等

其中《扬州图经》以图为经，可称创例

阮元的文集，为《揅经室集》五十七卷所作《南北书派论》、《北碑南帖论》均是书学史上的重要著述

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