国家自然博物馆所获荣誉2008年3月，北京自然博物馆入选北京市33座免费开放博物馆
2008年4月，北京自然博物馆入选北京市首批99家科普基地，被选为科普教育基地和科普研发基地，《大自然》部为科普传媒基地
2008年5月，北京自然博物馆入选国家文物局首批79家国家一级博物馆
2016年9月，北京自然博物馆入选“首批中国20世纪建筑遗产”名录
2020年4月，北京自然博物馆入选北京市首批新时代文明实践基地名单
北京自然博物馆先后被中央宣传部和北京市政府命名为“全国科普教育基地”和“北京市科普教育、研发、传媒基地”，被联合国教科文组织中国组委会命名为“科学与和平教育基地”
2022年2月11日，入选2022年北京市科普基地拟命名名单
2022年3月30日，被命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地，有效期至2025年
2023年1月，国家自然博物馆入选2022年度全国热搜博物馆百强榜单
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