农业农村部规划设计研究院科研部门截至2018年5月，农业农村部规划设计研究院内设机构18个，其中综合部门8个、业务部门10个，还设立有农业农村部农业资源监测总站等机构和研究平台
此外，中国农业工程学会挂靠研究院
农业农村部研究中心（3个）：农业农村部生物质工程中心、农业农村部种子加工工程技术中心、国家农产品加工技术装备研发分中心农业农村部重点实验室（5个）：农业农村部资源循环利用技术与模式重点实验室、农业农村部农产品产后处理重点实验室、农业农村部农业设施结构工程重点实验室、农业农村部农业废弃物能源化利用重点实验室、农业农村部耕地利用遥感重点实验室 院属研究所（10个）：农业与农村规划研究所、农业发展与投资研究所、农业农村经济运行研究所、农业农村建筑工程研究所、农业工程信息研究所、农业遥感与数字乡村研究所、设施农业研究所（畜牧工程所）、农产品加工工程研究所、农村能源与环保研究所（农业农村部生物质工程中心）、中国农村能源与环保研究培训中心
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