内蒙古自治区地质调查院机构设置内蒙古地调院内设办公室、党务工作部、计划财务部、事务服务中心、生产技术部、综合研究规划室、质量管理办公室、煤田项目管理办公室、信息中心、区域地质调查所、矿产地质调查所、物化探地质调查所、水文地质工程地质及环境地质调查所，各所下设若干个项目组
为完成自治区政府和国土资源主管部门赋予的一些职能，另设有储量评审科、矿权管理办公室、矿业联合会秘书处、地质勘查基金项目质量监控部、观赏石宝玉石协会秘书处
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