中国近代史遗址博物馆发展历史明朝初年曾是归德侯府和汉王府

清朝为江宁织造署、江南总督署、两江总督署、清朝康熙、乾隆皇帝下江南时均以此为"行宫"

1853年3月太平军占领南京，定都天京，洪秀全在此兴建了规模宏大的太平天国天朝宫殿（天王府）

清军攻破南京后，焚毁宫殿建筑，于同治九年（1870）重建了两江总督署

林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督

1911年10月10日辛亥革命爆发，1912年1月1日，孙中山在南京总统府宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上第一个共和制的国家政权 ── 中华民国临时政府

1912年4月，中华民国临时政府结束，在这里成立了以黄兴为首的南京留守政府 ；1913年"二次革命"中 ，又成为讨袁军总司令部，黄兴、何海鸣先后任司令

1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构

军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人

1927年4月，南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公

1928年10月，国民政府实行"五院制"，辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处 ，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处

至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长 ；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长

1937年12月南京沦陷后，国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪国民政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院

1946年5月，国民政府还都南京后，这里仍为国民政府所在地

东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部

1948年5月20日，蒋介石、李宗仁在行宪国民大会分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府

1949年4月23日，南京解放，24日，中国人民解放军占领总统府

从此，揭开了中国历史新的一页

1949年4月23日南京解放后，总统府先后成为南京市军管会、南京市文物管理委员会、江苏省省委、江苏省人大常委会、江苏省人民政府、江苏省政协等机关的办公处

20世纪90年代，机关单位陆续迁出，并于1998年在总统府旧址开始筹建南京中国近代史遗址博物馆

至2003年3月，建设工作完成，并正式对外开放

1982年，总统府内的太平天国天王府遗址被国务院公布为全国重点文物保护单位

1999年以来，博物馆征集、收购散落在民间的国民政府印章、照片和重要文件等珍品，还曾通过一些专家学者和国家有关机构向海外的国民党人士及其后裔征集大量文物史料进行复原陈列，主要包括晚清与民国史料陈列、洪秀全历史文物陈列、原国民政府五院文物史料陈列、总统府文物史料陈列和孙中山先生生平事迹展等，展示了中国近代史的演变过程

2004年，被评为国家AAAA级旅游景区

2005年4月27日，时任中国国民党主席的连战在访问中国大陆期间，曾到博物馆内的孙中山先生临时大总统办公室及蒋介石办公室等原址参观并为博物馆题字“和平奋斗救中国”留念，是中国国民党主席五十八年来第一次参观南京总统府

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