中国漕运博物馆建筑构造东南大学建筑规划设计院经深入调研后，设计了两套规划方案
两套方案是作为一个新景点进行策划的，一古一今，各有千秋，但总的原则是以地下为主，地上一层，总高度不超过楚州（今淮安区）古城标志性建筑——镇淮楼，不破坏周边整体空间效果
本次规划设计的两套方案中，一套方案具有古典风格，地面建筑以明清时期建筑风格为主，与漕运总督署遗址公园周边建筑、环境相协调，其建筑面积为5170平方米，地面建筑总体为“品”字形布局
而另一套方案具有现代气息，其地面建筑采用现代建筑风格，并在其中融合了部分传统建筑元素，总建筑面积为4678平方米，地面建筑总体为“正”字形布局
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