丰湖书院明代景定二年（公元一二六一年），摄守林畔在院前建“如沂亭”
经历宋、元之间的战火后，元大德三年（公元一二九九年），山长黄赵孙重建
明代，书院几度兴废，岭南文化己同全国一样
由于惠州城市建设扩展及惠州西湖声誉日高，国内很多名士南来惠州兴办书院，如“濂溪书院”、“天泉书院”等（不久便废），与丰湖书院竞相传道讲学
著名教育家、哲学家王守仁（王阳明、公元一四七二年至一五二八年）亦曾来惠州
他的学生薛侃在丰湖书院讲学，传播他的学说
明代，惠州府有进士四十四人
归善进士叶梦熊官至兵部尚书，赠太子太保，留下相当价值的著作
杨起元官至吏部侍郎，对文学和理学都很有研究
他和叶梦熊的著作被收入《四库全书》
叶梦熊、杨起元、叶萼、叶春及、李学一等被尊称为“五先生”
车邦佑、曾守约、张萱、李树勋、韩日瓒等分别在政治、武功、学术、文学等方面有一定成就
郑维新在嘉靖七年（公元一五二八年）写成《惠大记》）
明代末年，阶级矛盾尖锐，社会动荡
丰湖书院门庭冷落，逐渐荒废
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