晋阳书院万历年间在此不得不提到“三立书院”
据道光《阳曲县志》志，万历初年，山西按察司副使利用巡抚衙门旧址，增建号舍，筑三贤堂，祀奉讲学河汾、生长与河汾的三位先贤――王通、司马光、薛瑄，从此作为士子学习的榜样，更“晋阳书院”名为“河汾书院”
在明代中叶，书院盛行于各府郡州治地，书院中“讲学自由，议论朝政，裁量人物（评价官员好坏）”的“清议”之风风靡一时，对当时的社会风气和吏制颇有影响
对此，朝廷权贵和地方高官，深怀妒嫉
万历帝朱翊钧登基不久，便采纳了执政宰相张居正之奏疏，“诏毁天下书院”
太原的“河汾书院”，亦未能幸免，终于在万历七年（1579年），被废止停办
直至万历二十一年（1593年），魏元贞担任山西巡抚时，才托词以建“三立祠”为名，另建了实质上的“三立书院”，并迁址于右所街（今旧城街一带）
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