马来科技博物馆建筑布局有三个不同主题的展览馆：一号展览馆建立在水上村落的建筑上，介绍这些房屋如何能维持150年之久；二号展览馆展出手工艺品和钓鱼技术，由水上村落的居民现场示范；三号展览馆的主题是原住民用来觅食、耕作和狩猎的工具和技巧，可了解当地居民的生活与历史
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